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SARS-CoV-2 N del31-33 突变检测试剂盒
SARS-CoV-2 N del31-33 Mutation Detection Kit

SARS-CoV-2 N del31-33 Mutation Detection Kit新品速递图wako.jpg

SARS-CoV-2 N del31-33 突变检测试剂盒



本产品是一步法RT-qPCR检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron毒株(B.1.1.529)中N区存在的特征性突变del31-33的试剂盒。del31-33 是指N区第31~33位中E、R 和 S三个氨基酸缺失的突变。Omicron毒株是在南非首次发现的变异株,在刺突蛋白中含有30多个突变。它比传统的变异株具有更高的传染性,因而被世界卫生组织(WHO)列为“关切变异株”(Variant of Concern;VOC)。

本产品针对的是突变位点少的N区突变,并非突变位点多的S区。因此引物探针不会与其他突变位点产生反应、干扰测试,即可特异性、高灵敏度检测Omicron。

经证实,本产品不与Alpha变异株、Beta变异株、Gamma变异株产生反应,只与Omicron毒株产生特异性反应。


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SARS-CoV-2 N del31-33 突变检测试剂盒【281-37703



◆试剂盒组成


20 Reactions

  RT 酶混合物(20×)

20 μL×1

  一步反应混合物(2×)

200 μL×1

  野生型引物&探针混合物
(Wild Type Primer & Probe Mixture)

10 μL×1

  N del31-33突变型引物&探针混合物
(N del31-33 Mutant Type Primer & Probe Mixture)

10 μL×1



◆特点


● 容易判断

● 使用突变型和传统型的引物/探针套装时,可通过比较Ct值进行判断

● 一步法RT-qPCR法快速检测突变

● 约70 min 即可完成

● 使用独立研发的引物探针进行高灵敏突变检测

● 当与其他突变体检测试剂盒组合使用时,所有变异株均可于同一反应条件下在1块96孔板上进行检测

● N501Y、E484K、L452R、E484Q、del247-253、N del31-33试剂盒的所有PCR反应条件相同,因此可在

● 1块96孔板上进行检测

 


◆检测原理


采用TaqMan® 探针的1-step RT-qPCR。


  ▼使用前
  在病毒RNA量多的情况下,使用传统(非突变)型检测用的Wild Type Primer / Probe,也能在变异株中观察到扩增信号。请务必使用传统

  (非突变)型检测用的Wild Type Primer/Probe 和突变型检测用的Mutant Type  Primer/Probe两种进行检测。比较两种Ct值,若突变型

  测用Mutant Type  Primer/Probe的Ct值较小,则判断该病毒为变异株。



◆实验案例


变异株检测的应用数据


用以下5种新型冠状病毒株的纯化RNA对本试剂盒进行测试:

● Omicron毒株(B.1.1.529):TY38-873P1,由日本国立传染病研究所提供

● alpha毒株(B.1.1.7):QHN001,N501Y突变,由日本国立传染病研究所提供

● Beta毒株(B.1.351):TY8-612,N501Y突变,E484K突变,由日本国立传染病研究所提供

● gamma毒株(P.1):TY7-501,N501Y突变,E484K突变,由日本国立传染病研究所提供

● 传统毒株(VR-1986HK):从ATCC购买的热灭活新型冠状病毒株

样本拷贝数:5000拷贝/孔

循环数:45

 


① Omicron株(B.1.1.529):TY38-873P1


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Omicron毒株在N区含有del31-33突变,因此N del31-33 Mutant type Primer / Prob的扩增曲线(红色)比Wild type Primer / Probe的扩增曲线(蓝色)更早起峰。

 


② alpha株(B.1.1.7):QHN001

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alpha毒株在N区中不含del31-33突变,因此Wild type Primer / Probe(蓝色)的扩增曲线比 N del31-33 Mutant type Primer / Probe(红色)的扩增曲线更早起峰。虽然alpha毒株与Omicron毒株均含有N501Y突变,但经确认本产品不与alpha毒株产生反应。

 


③ Beta株(B.1.351):TY8-612


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Beta毒株在N区中不含有del31-33突变,因此Wild type Primer / Probe的扩增曲线(蓝色)比N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线(红色)更早起峰。虽然Beta毒株与Omicron毒株均含有N501Y突变,但经确认本产品不与Beta毒株产生反应。

 


④ gamma毒株(P.1):TY7-501


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gamma毒株在N区中不含del31-33,因此Wild type Primer / Probe的扩增曲线(蓝色)比N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线更早起峰。虽然gamma毒株与Omicron毒株均有N501Y突变,但经确认本产品不与gamma毒株产生反应。

 


⑤ 传统毒株(VR-1986HK):从ATCC购买的热灭活新型冠状病毒株


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传统毒株在N区中不含del31-33突变,因此Wild type Primer / Probe的扩增曲线(蓝色)比N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线(红色)更早起峰。

 


对照RNA的检测数据


使用本试剂盒测定合成Omicron菌株的对照ssRNA。


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在不含N del31-33突变的对照ssRNA(Wild Type Control RNA)中,Wild type Primer / Probe的扩增曲线(蓝色)比N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线(红色)更早起峰。

在含N del31-33突变的对照ssRNA(N del31-33 Mutant Type Control RNA)中,N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线(红色)比Wild type Primer / Probe的扩增曲线(蓝色)更早起峰。



PCR反应条件


将板置于qPCR仪板,按以下流程设定。


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◆变异株一览表


变异株

N501Y突变

E484K突变

L452R突变

E484Q突变

del247-253突变

N del31-33突变

传统毒株

Alpha毒株
(B.1.1.7)

Beta毒株
(B.1.351)

Gamma毒株
(P.1)

Epsilon毒株(B.1.427/B.1.429)

Kappa毒株(B.1.617.1)

Delta毒株 (B.1.617.2)

Lambda毒株 (C.37)

Omicron毒株(B.1.1.529)


※含E484A突变



※ 本页面产品仅供研究用,研究以外不可使用。


FAQ


Q1:是否可以判断新型冠状病毒阳性/阴性?

A1:本试剂盒用于检测阳性样品中是否存在基因突变,不能判断为阳性/阴性。请使用SARS-CoV-2 RT-qPCR Detection Kit Ver. 2(产品编号:285-33801)进行阳性/阴性的判断。本试剂盒也可以与 RNA简易提取试剂SARS-CoV-2 Lysis Buffer Ver. 2(产品编号:281-34501) 配合使用。

 


Q2:是否可以检测direct PCR 等简单提取的RNA样品?

A2:请使用RNA提取/纯化试剂盒纯化的RNA。

● 离心柱类型:ISOSPIN病毒RNA(产品编号:310-08931,Nippon Gene)

● 自动核酸提取仪:QuickGene-Auto 12S / 24S(仓敷纺织,另需QuickGene AutoS RNA Virus Kit,产品编号:633-50801)

 

 

Q3:试剂盒包装【20 Reactions】是指?

A3:【20 Reactions】指可以分开进行20孔的实时PCR。每个样品需要2个孔(如下),即10个样品。

①含有传统菌株Primer / probe的孔

②含有变异毒株Primer / probe的孔

 


Q4:试剂盒中是否包含病毒的阳性对照RNA?

A4:本试剂盒不含阳性对照。

 


Q5:当野生型和突变型的扩增曲线均起峰时,应如何进行判断?

A5:如果病毒量高,无论是变异株样品,还是野生株,都有可能在其引物/探针中观察到扩增信号。然而,在此情况下,变异株的扩增信号上升得更快(Ct值小)。请务必通过变异株和传统菌株用的两种引物和探针进行检测,以确定 Ct 值的差异。详情请参阅说明书中的“判断方法”。



产品列表
产品编号 产品名称 产品规格 产品等级 备注
281-37703 SARS-CoV-2 N del31-33 Mutation Detection Kit
SARS-CoV-2 N del31-33 突变检测试剂盒
20 Reactions - -

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